Η Διεύθυνση Ασφάλειας Ναυσιπλοΐας έχει τη σημαντική αποστολή να ενημερώσει και να διαφυλάξει τους ναυτιλλομένους από τους κινδύνους που εγκυμονούν κατά την πλεύση τους στην περιοχή της Ανατολικής Μεσογείου.
Οι κύριες δραστηριότητες της Διεύθυνσης είναι:

• Η συνεχής ενημέρωση των ναυτιλλομένων με την έκτακτη μετάδοση προαγγελιών και μηνυμάτων NAVTEX, μέσω της Υπηρεσίας NAVTEX και προαγγελιών για τους ναυτιλλομένους, σε συνεργασία με το Λιμενικό Σώμα, την ΕΜΥ και τον ΟΤΕ στα πλαίσια του GMDSS.
• Η έκδοση ναυτιλιακών εκδόσεων (Μηνιαίο και Ετήσιο τεύχος αγγελιών).
• Ο καθορισμός θαλάσσιων οδών , διαύλων, στενών και φυσικών αγκυροβολίων.
• Η ναυτιλιακή μελέτη εγκατάστασης από την Υπηρεσία Φάρων και άλλους φορείς φάρων, σημαντήρων, ναυδέτων, κλπ.
• Η τήρηση αρχείου ναυαγίων, ακάθαρτων βυθών και ναυδέτων για τον Ελληνικό θαλάσσιο χώρο
• Εθνική εκπροσώπηση στο Διεθνή Ναυτιλιακό Οργανισμό καθώς και στον Διεθνή Υδρογραφικό Οργανισμό για θέματα που έχουν σχέση με το αντικείμενό της
• Η παρακολούθηση και ο συντονισμός σε θέματα που αφορούν την εκπαίδευση, την ενημέρωση και την επιμόρφωση του προσωπικού της ΥΥ 

Επίσης έχει ενεργή συμμετοχή σε γενικά και ειδικά θέματα που αφορούν στην ασφάλεια της ναυσιπλοΐας, όπως:

• Λιμενικά ή άλλα τεχνικά έργα τα οποία πρόκειται να κατασκευασθούν στους χώρους αιγιαλού - παραλίας, αλλά και μέσα στη θάλασσα.
• Αυθαίρετα έργα που έχουν κατασκευασθεί χωρίς άδεια ή με υπέρβαση της άδειας, στους ίδιους χώρους ως και καταγγελίες που σχετίζονται με τέτοιες παράνομες δραστηριότητες.
• Παραχωρήσεις - εκμισθώσεις θαλάσσιων εκτάσεων για εγκατάσταση και λειτουργία μονάδων υδατοκαλλιέργειας
• Παραχωρήσεις για χρήση χώρων αιγιαλού, παραλίας και χερσαίων ζωνών λιμένων
• Χορήγηση άδειας εκτέλεσης αμμοληψιών
• Εγκαταστάσεις δεξαμενών προϊόντων /παραγώγων πετρελαίου στους χώρους αιγιαλού - παραλίας
• Σύνταξη - ενημέρωση πίνακα μιλιομετρικών αποστάσεων μεταξύ ελληνικών λιμένων. Υπολογισμός μιλιομετρικών αποστάσεων που ζητούνται από διάφορους φορείς
• Εισηγήσεις για υποθέσεις προσγιάλωσης καλωδίων ΔΕΗ, ΟΤΕ καθώς και διαφόρων αγωγών.
• Γνωμοδότηση για τη δημιουργία υδατοδρομίων, καθορισμό περιοχών λειτουργίας θαλάσσιων αιολικών πάρκων και καταδυτικών κέντρων.
• Γνωμοδότηση για τον τρόπο σημάνσεως θαλασσίων κινδύνων, διαύλων και στενών