Η Υδρογραφική Υπηρεσία εκτελεί υδρογραφικές εργασίες με κύριο σκοπό τη δημιουργία και ενημέρωση των επίσημων ελληνικών ναυτικών χαρτών και εκδόσεων. Πέραν αυτού, αναλαμβάνει υδρογραφικές εργασίες και για λογαριασμό τρίτων, λιμενικών ταμείων και διαφόρων κρατικών φορέων. Αυτές γίνονται κατόπιν αιτήσεως του ενδιαφερόμενου προς την ΥΥ. Αφού η ΥΥ κοστολογήσει την εργασία, ακολουθεί υπογραφή σύμβασης, όπου καθορίζονται οι λεπτομέρειες της περιοχής εργασίας και τα παραδοτέα στοιχεία.

Οι Υδρογραφικές Εργασίες περιλαμβάνουν την συλλογή δεδομένων στο πεδίο, την επεξεργασία τους, για την σύνταξη και ενημέρωση των ναυτικών χαρτών και εκδόσεων. Τέτοια δεδομένα είναι:

Οι εργασίες πεδίου εκτελούνται από Υδρογραφικά Συνεργεία, που αποτελούνται από ειδικευμένο επιστημονικό και τεχνικό, στρατιωτικό και πολιτικό προσωπικό. Το προσωπικό αυτό κατανεμημένο σε επί μέρους συνεργεία, επιβαίνει στα διαθέσιμα πλωτά μέσα, ενώ εκτελούν και τις απαραίτητες στην ξηρά γεωδαιτικές και τοπογραφικές εργασίες.

Σημαντικό στοιχείο για την εκτέλεση υδρογραφικών εργασιών αποτελούν τα εξειδικευμένα και κατάλληλα εξοπλισμένα πλωτά μέσα. Αυτά είναι υδρογραφικά πλοία για πελάγιες ηχοβολήσεις και άκατοι για παράκτιες, τα οποία διαθέτουν μόνιμα εγκατεστημένα ολοκληρωμένα συστήματα υδρογράφησης. Αυτά συνίστανται από:

• σύστημα ακριβούς προσδιορισμού θέσης (GPS)
• ηχοβολιστικό μονής ή πολλαπλής δέσμης
• λογισμικό συλλογής και επεξεργασίας δεδομένων, όπου γίνεται ο συνδυασμός θέσης-βάθους

 Για πολύ ρηχές περιοχές, υπάρχουν ανάλογα φορητά συστήματα, που έχουν δυνατότητα προσωρινής εγκατάστασης σε μικρότερες λέμβους.

Τοπογραφικές εργασίες εκτελούνται για την αποτύπωση της ακτογραμμής και της μορφολογίας της παράκτιας ζώνης, καθώς και των λιμενικών υποδομών.

Πολύ σημαντικές είναι οι γεωδαιτικές εργασίες που γίνονται για την ένταξη όλων των ανωτέρω στο σύστημα αναφοράς του χάρτη.

Στη συνέχεια γίνεται η επεξεργασία των δεδομένων, όπου γίνονται οι απαραίτητες αναγωγές στο επίπεδο αναφοράς του χάρτη, εφαρμόζονται οι ανάλογες διορθώσεις και γίνεται ο ποιοτικός έλεγχος. Τέλος συντάσσεται το βαθυμετρικό διάγραμμα, που διατίθεται για την παραγωγή και ενημέρωση των τελικών προϊόντων της ΥΥ και τηρείται στο αρχείο για κάθε μελλοντική χρήση.

Όλες οι εργασίες και η επεξεργασία των δεδομένων, γίνονται σύμφωνα με τις τεχνικές οδηγίες του Διεθνούς Υδρογραφικού Οργανισμού (IHO). Οι προδιαγραφές αυτές έχουν ενσωματωθεί στις πάγιες Υδρογραφικές Οδηγίες, που ακολουθούνται στα Υδρογραφικά Συνεργεία.